Por iniciativa do Duque D. Jaime (1479-1532), a Casa de Bragança foi autorizada pela coroa de Portugal e pelo Papa, a instituir 41 comendas da Ordem de Cristo; parte dessas comendas foram concedidas a cavaleiros, não pelos seus feitos militares mas por serviços prestados na vida pública, como embaixadores, encarregados de negócios, juízes, etc. A 16 de Outubro de 1619, D. João II, oitavo duque de Bragança, foi sagrado cavaleiro da Ordem de Cristo, no Convento de Tomar.

 

Quando, em 1640, se reuniu uma conjura de nobres que queriam libertar o país da dominação espanhola, tiveram de escolher, no rol de parentes afastados dos monarcas portugueses, um candidato que se adequasse aos seus requisitos. A escolha recaiu sobre D. João II de Bragança que aceitou a chefia da rebelião, tornando-se rei de Portugal a 1 de Dezembro de 1640, iniciando assim a quarta dinastia ou dinastia de Bragança.
Como Grão-mestre da Ordem de Cristo, D. João IV, reinicia trabalhos de construção do convento, suspensos durante os reinados dos reis espanhóis Filipe II e Filipe III. O convento tem novamente um arquitecto para realizar as obras que serão concluídas em 1690, com uma nova enfermaria e uma nova farmácia, a Botica. O convento iniciado por D. João III fica assim concluído 160 anos depois.

 

D. João IV, a exemplo dos seus antepassados, prossegue a política de atribuição da dignidade de cavaleiros da Ordem de Cristo, como forma de compensar servidores, tanto no campo militar como na vida pública, numa época em que as lutas da Restauração se estendiam à própria soberania de Portugal nos territórios do ultramar, ocupados por potências estrangeiras durante a dominação espanhola. Este alargamento da Ordem de Cristo à sociedade civil acabará por conferir à Cavalaria de Cristo o carácter laico, que este ramo da Ordem adquire tacitamente com a Restauração da independência de Portugal.